（4）民族主义人民联盟（NPC-Nationalist People's  Coalition），是前总统埃斯特拉达的执政联盟—民众奋斗党（LAMP）成员之一。2000年10月，埃被弹劾后，该党成为独立党派。现为众议院第二大党。该党支持修改宪法。为防止总统权力过大，主张实行议会制政体及实行两党制，支持加快国有企业私有化。该党领袖是许寰戈。

（5）摩洛民族解放阵线（Moro National Liberation  Front，简称“摩解”）：南部穆斯林武装组织。1968年创立，旨在棉兰老地区建立独立的伊斯兰国家。1987年南部各省举行公投，建立由棉兰老岛四省组成的“棉兰老穆斯林自治区”（ARMM），密苏阿里任主席。1996年，政府与摩解达成和平协议。2001年，密苏阿里与阿罗约政府发生利益冲突，其支持者于11月在霍洛岛发动武装叛乱。政府迅速平叛，宣布密犯有叛乱罪。密潜逃至马来西亚沙巴，被马政府逮捕并于2002年1月引渡回菲。2007年2月，阿罗约总统下令执行与摩解的和平协议条款，希望通过和平、发展、多种信仰对话及国际合作实现与摩解的最终和解，解决菲南部冲突。

（6）摩洛伊斯兰解放阵线（Moro Islamic Liberation  Front，简称“摩伊解”）：菲最大的穆斯林反政府组织。现有武装力量1.25万人，主要活跃在棉兰老岛。1978年，以哈希姆·萨拉马（Hashim  SALAMAT）为首的强硬派从摩解脱离后建立。2003年萨拉马去世后，穆拉特（Al Haj Ebrahim  MURAD）任主席。主张建立独立的伊斯兰国家，坚持武装斗争。摩伊解与政府虽多次签署停火协议，但均未能得到有效执行。2000年4月摩伊解与政府冲突升级为“全面战争”，摩伊解的营地被政府军全部攻占，其武装力量溃散后，继续以小股武装袭击政府军和民用设施。自2001年开始，阿罗约政府与摩伊解重开和谈，并曾签署停火协议与和平协议，但双方武装冲突仍时有发生。2003年，南部地区发生多起恐怖爆炸案件，政府认为是摩伊解所为，宣布通缉其主要领导人，威胁要将摩伊解列为恐怖组织。此后，在马来西亚协调下，双方进行多轮谈判，取得了一定进展。阿基诺总统主张同“摩伊解”等分离组织进行全面和谈，推动外国斡旋调停，促进国家团结和民族和解。2012年10月，菲政府宣布同“摩伊解”达成和平框架协议，这标志着菲向着结束南部棉兰老地区持续多年的民族冲突迈出重要一步。2014年3月正式签署此和平协议。2019年《棉兰老穆斯林邦萨摩洛自治区组织法》公投通过后，菲成立“邦萨摩洛过渡署”（BTA），为成立“棉兰老穆斯林邦萨摩洛自治区”（BARMM）预作准备。摩伊解主席穆拉特被任命为BTA首席部长。